【正殿】 正殿安奉主祀神明天上聖母媽祖，此殿乃本宮建物群組中，地勢最高、面積最大的地方。也是廟宇中最精華、最重要的祭祀空間，殿上布置得非常莊嚴肅穆，神龕周邊禁止信眾進入，以示對神明的崇敬。許多重要文物如匾聯、籤詩等，都陳設在正殿中。

民國八十八年，李登輝總統御筆親題匾額『慈航載福』（現已改懸藍底金字『基隆媽』），連戰副總統題匾『福澤廣被』，民國一○六年，蔡英文總統頒賜匾額『霖雨濟度』，民國一○九年賴清德副總統題匾『福裕德澤』民國一一三年賴清德總統頒賜匾額『安海福民』，均高懸於正殿中。

正殿中的四點金柱、副點金柱、山柱及附壁柱，全是大陸進口的千年樟木。黑褐色底漆，上了一層釉彩，亮麗光鮮，據告，每一根柱子都是道地的天然原木直接裁成的；四點金柱是神人的分界線，通常禁止香客越界；正殿中的棟架，係以三通五瓜抬樑方式層層升高，為傳統建築大木架構中最為富麗堂皇的構築，大通與各通之間的瓜柱也是非常漂亮，上下層瓜柱是神采奕奕的凸額獅座，中層則是兩頭大象（太平有象），大通與點金柱間裝飾四隻漂亮的金吾雀替，這些小木作一律線條分明，色彩鮮艷。正殿頂棚因顧及透氣性的需要採取「徹上明造」的露椽方式處理。

「建廟歷三朝聖母神宮誇壯麗 安瀾庥四海基津聖蹟啟新猷」

相信每個人乍看見神龕中金碧輝煌的氣勢，都會眼睛一亮，讚歎不已，神龕猶如一座縮小形的建築，有屋頂、有龍柱，也有格扇，罩霧上雕塑了許多小垂花、金斗栱、金光燦爛，瑞氣萬千。神案上，依序為三尊鎮殿媽，分別是一八一八、一八七六、一九一二年的鎮殿之寶，其前端最中央至尊，安奉距今二四四年的開基媽，鎮殿媽座前之中尊為粉臉的湄洲媽，龍邊安奉金臉的泉州媽，虎邊為紅臉的漳州媽，前方案桌，供奉著數列基隆各地區謝神還願的媽祖神像，兩側為早年隨侍開基媽同降本宮的守護神千里眼、順風耳。兩邊壁堵，雕飾金箔壁畫，其下，新增兩排青草石斗櫃，作為中元祭祀置放斗燈專用。